Beim Erwachsenen wird durch die Auffaltung der Darmmukosa in Zotten und Mikrozotten eine resorptive Gesamtfläche von 150–200 Quadratmetern erreicht. Mukosa und Darmlumen werden durch ca. 1x10^14 Keime besiedelt, die sich vermutlich in mehr als 400 Arten und Unterarten unterteilen lassen. Die Zahl der Mikroorganismen im Darm übertrifft damit die Zahl der Körperzellen um das Zehnfache. Sie verfügen über ein höheres Gewicht und eine größere Stoffwechselkapazität als z.B. die menschliche Leber. Dies verdeutlicht, dass Veränderungen der Darmmukosa und Störungen der Mikroflora das physiologische Gleichgewicht des Menschen tiefgreifend beeinträchtigen können. Die mikrobielle Besiedlung der einzelnen Abschnitte im Gastrointestinaltrakt ist sehr unterschiedlich.

Die Zusammensetzung der Stuhlflora ist ein geeigneter Summenparameter, der die Gesamtheit aller Einflussfaktoren, die auf den Darm einwirken, widerspiegelt. Veränderungen innerhalb der Stuhlflora sind nicht spezifisch für bestimmte Ursachen oder Erkrankungen; ihr Ausmaß lässt jedoch Rückschlüsse auf die Schwere einer zugrundeliegenden Störung zu.